Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: https://hdl.handle.net/20.500.12104/82525
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dc.contributor.advisorKûhlbrandt, Werner
dc.contributor.advisorChavez Chavez, Arturo
dc.contributor.advisorBausewein, Thomas
dc.contributor.authorOrnelas Silva, Pamela Patricia
dc.date.accessioned2021-03-26T22:17:19Z-
dc.date.available2021-03-26T22:17:19Z-
dc.date.issued2018-03-09
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12104/82525-
dc.identifier.urihttps://wdg.biblio.udg.mx
dc.description.abstractLa invensión del microscopio óptico ha permitido al ser humano ver un mundo más allá del que nos muestran nuestros ojos. Hoy en día es posible estudiar estructuras moleculares básicas para la vida del tamaño de tan sólo unos ˚Angstroms, utilizando técnicas como la Cristalografía de rayos X y la Microscopía electrónica. Tener acceso a resoluciones de nivel molecular nos brinda la oportunidad de explorar los fundamentos de la célula y sus organelos, con la posibilidad de desarrollar tratamientos médicos. Es bien sabido que la mitocondria es la fuente de energía de la célula eucariota, razón por la que es vital entender su comportamiento. De acuerdo con la teoría endosimbiótica, la mitrocondria predecesora solía ser un organismo independiente absorbido más tarde por la célula. Actualmente, tras años de evolución, el código genético de las proteínas mitocondriales se encuentra en el núcleo de la célula y éstas son producidas en el citoplasma, por lo tanto, deben ser importadas a la mitocondria. Máquinas proteínicas como la Translocasa de la Membrana Externa (TOM) están encargadas de transportar tales proteínas hacia el espacio intermembranal para su distribución dentro de las membranas o hacia la Translocasa de la Membrana Interna (TIM). Este proyecto, desarrollado en el Instituto Max Planck de Biofísica, dentro del grupo de Biología Estructural, se enfoca en el análisis de la interacción de complejo TOM en solución y una proteína precursora, a través de las técnicas de microscopía electrónica: tinción negativa y crio-microscopía. Para dichos experimentos, la proteína precursora fue construída a partir de Citocromo-b2, como señal, y Dihidrofolato Reductasa. El primer paso consistió en la clasificación de imagenes de tinción negativa para comprobar la interacción entre las preproteínas y el complejo, y además demostrar que la interacción es específica. El segundo paso es obtener imágenes de alta resolución a través de crio-microscopía, lo cual provee un modelo más detallado de la interacción. Por ahora, no podemos dar una explicación detallada sobre la iteracción de la translocasa de la membrana exterior con una proteína precursora. Sin embargo, los resultados obtenidos a través de tinción negativa demostraron que la preproteína sí se está uniendo a la translocasa. Para poder obtener más información sobre este comportamiento, es necesario estudiar la interacción con preproteínas de diferente construcción.
dc.description.tableofcontentsIntroduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 The Mitochondria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 Translocases and Preproteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 Translocase of the Outer Membrane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 Electron Microscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 Single Particle Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 1 Theoretical Framework 8 1.1 Justification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 1.2 Background Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 1.2.1 Single Particle Analysis in Electron Cryo-Microscopy . . . . . . . . . . . . . . 9 1.2.2 The TOM Complex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 1.2.3 Subunit Interaction with Preproteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 2 Methodology and Experimentation 14 2.1 Biochemical Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 2.1.1 Protein Purification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 2.1.2 Protein Electrophoresis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 2.1.3 Sample Preparation for Electron Microscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 2.2 Biophysical Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 2.2.1 Negative Staining . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 2.2.2 Electron Cryo-Microscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 2.3 Computational Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 2.3.1 Motion Correction and CTF estimation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 2.3.2 Single Particle Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 3 Results and Discussion 25 3.1 Purification and Verification of the TOM Complex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 3.2 Negatively Stained TOM Attached to the Preprotein . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 3.2.1 3D-Classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 3.2.2 Refinement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 II 3.3 Cryo-EM of TOM attached to the preprotein . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 3.3.1 3D-Classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 4 Conclusions and Recommendations 37 4.1 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 4.2 Recommendations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 Supplementary Information 42 Beer-Lambert Law . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42 Concentration of TOM fractions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42 SDS-Gel Preparation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42 SDS-PAGE Running Buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 Superdex 200 running standard . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 Precision Plus protein standard . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 EM parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
dc.formatapplication/PDF
dc.language.isospa
dc.publisherBiblioteca Digital wdg.biblio
dc.publisherUniversidad de Guadalajara
dc.rights.urihttps://www.riudg.udg.mx/info/politicas.jsp
dc.subjectProteinas Precursoras
dc.subjectMitocondrias
dc.subjectCriomicroscopia Electronica
dc.titleVisualizacíon de la Interacción entre Proteinas Precursoras y la Translocasa Mitocondrial a atraves de Criomicroscopia Electrónica
dc.typeTesis de Maestria
dc.rights.holderUniversidad de Guadalajara
dc.rights.holderOrnelas Silva, Pamela Patricia
dc.coverageGUADALAJARA
dc.type.conacytmasterThesis-
dc.degree.nameMAESTRIA EN CIENCIAS EN FÍSICA-
dc.degree.departmentCUCEI-
dc.degree.grantorUniversidad de Guadalajara-
dc.degree.creatorMAESTRA EN CIENCIAS EN FÍSICA-
Aparece en las colecciones:CUCEI

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