Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: https://hdl.handle.net/20.500.12104/96327
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dc.contributor.advisorRodriguez Zaragoza, Fabián A.
dc.contributor.advisorHernández Zulueta, Joycye
dc.contributor.authorAvila Castro, Elizabeth
dc.date.accessioned2023-11-10T19:51:22Z-
dc.date.available2023-11-10T19:51:22Z-
dc.date.issued2023-11-14
dc.identifier.urihttps://wdg.biblio.udg.mx
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12104/96327-
dc.description.abstractRESUMEN Los octocorales son animales invertebrados que habitan, desde los 2 hasta los 70 m de profundidad, principalmente en arrecifes de coral. Eco-ingenieros por su capacidad de modificar el hábitat circundante, contribuyen a la heterogeneidad espacial y a la construcción de nichos ecológicos para múltiples especies. Además, son considerados fuentes importantes de compuestos bioactivos. El éxito de adaptación y desarrollo de los octocorales se debe a las simbiosis que forman con las comunidades microbianas. Sin embargo, el esfuerzo en la evaluación de ensamblajes bacterianos dentro del Pacífico central mexicano es escaso comparado con los estudios enfocados en corales hermatípicos. El objetivo de este trabajo fue evaluar el ensamblaje bacteriano asociado a Leptogorgia alba, así como evaluar las interacciones antagónicas entre las bacterias aisladas y explorar la actividad antimicrobiana. Por medio de amplicones PCR de siete regiones hypervariables del gen 16S ARNr, se evaluaron los ensamblajes bacterianos. Por medio de bacterias cultivables asociadas a L. alba se realizaron pruebas de interacciones microbianas frente a cepas aisladas del mismo sitio de muestreo y ensayos antimicrobianos frente a patógenos para humanos y acuícolas. Las comunidades bacterianas asociadas a L. alba de zonas someras y mesofóticas, se caracterizaron por la mayor abundancia relativa de la familia Mycoplasmataceae. En zonas someras, la variabilidad ambiental entre las temporadas climáticas no influyó en la regulación de la estructura de la comunidad bacteriana, al contrario que en zonas mesofóticas donde evidenciamos disimilitud en la composición y abundancia del ensamblaje bacteriano. Las bacterias cultivables asociadas a L. alba demostraron capacidad para inhibir el crecimiento de bacterias de su propio ensamblaje bacteriano, así como también a bacterias pertenecientes a sustratos y organismos circundantes al octocoral. Bacillus australimaris, cepa aislada de zonas someras, evidenció antagonismo frente a cuatro patógenos humanos y tres acuícolas, mientras Pseudoalteromona sp. de zonas mesofóticas para dos patógenos humanos y tres acuícolas. El grupo predominante en el ensamblaje bacteriano de L. alba, para ambas zonas, probablemente es uno de los grupos específicos dentro de su ensamblaje. En zonas someras, la especificidad bacteriana asociada a L. alba, el estado de conservación y el estrés antrópico de Bahía de Chamela, podrían ser los principales reguladores de la estructura de los ensamblajes bacterianos, mientras que en zonas mesofóticas los cambios estacionales podrían influir en la diversidad y abundancia bacteriana. La capacidad de B. australimaris y Pseudoalteromonas sp. de inhibir el crecimiento de cepas de su propio ensamblaje podría demostrar autorregulación y la inhibición de bacterias externas, aunado a la capacidad antagónica frente a patógenos para humanos y acuícolas, podría evidenciar su función de evitar colonización y protección frente a patógenos. Además de ser un recurso biotecnológico potencial en la búsqueda de nuevos compuestos con actividad antimicrobiana.
dc.description.tableofcontentsTABLA DE CONTENIDO CAPÍTULO 1. Introducción general……………………………..…………….. 1 1.1 Octocorales…..…………………………………………….. 1 1.2 Ensamblajes bacterianos: metagebarcoding…………... 2 1.3 Bacterias cultivables: Interacciones y bioactividad bacteriana………………..……………………………………… 3 1.4 Antecedentes…………………..…………………………... 5 1.5 Justificación………………………………………………… 7 1.6 Hipótesis……………………………………………………. 8 1.7 Objetivo general……………………………………........... 8 1.8 Objetivos particulares..……………………………………. 8 1.9 Referencias………………………………..……………….. 8 CAPÍTULO 2. Evaluación de los ensamblajes bacterianos asociados a Leptogorgia alba, agua de mar y sedimento en el pacífico oriental tropical…………………………………………………. 16 2.1 Introducción …….………………..………………………… 16 2.2 Materiales y métodos …....……………………………….. 18 2.2.1 Área de estudio ……….……………………………….. 18 2.2.2 Muestreo y tratamiento de muestras …………… 19 2.2.3 Extracción de AND, preparación de librerías y secuenciación ……………………………………....… 19 2.2.4 Análisis bioinformáticos ...……….....…….……… 20 2.2.5 Análisis de datos ……....…………..……..…….. 21 2.2.6 Variables ambientales ….…….……….……… 22 2.3 Resultados..…………….………………………………….. 22 2.3.1 Diversidad Beta ……………………………...………... 25 2.3.2 Variables ambientales …………………….………… 27 2.4 Discusión ……………………………………………...…… 27 2.4.1 Composición microbiana………………………………. 27 2.4.2 Variación del ensamblaje bacteriano…………..…… 30 2.5 Conclusión …………………………………………………. 31 2.6 Referencias ………………………………………………... 31 Anexo …………………………………………………………… 37 CAPÍTULO 3. Exploring soft coral-associated bacterial community from mesophotic zone: a case of Leptogorgia alba at mexican central pacific…………………………………………………… 41 3.1 Abstract……………………………………………………... 41 3.2 Introduction…………………………………………………. 42 3.3 Materials and methods………………………………........ 43 3.3.1 Study area………………………………………………. 43 ii 3.3.2 Sampling and sample treatment…………………….. 44 3.3.3 DNA extraction, library preparation and sequencing…………………………..…………………………. 44 3.3.4 Data analysis..………………………………… 45 3.3.5 Metabolic functions…………...……………...…… 46 3.4 Results…………………………………………………..….. 47 3.4.1 Bacterial alpha diversity……………………………….. 47 3.4.2 Beta diversity…………………………………………. 49 3.4.3 Putative metabolic functions.……………………… 51 3.5 Discussion…………………………..……………………… 54 3.5.1 Bacterial community and alpha diversity……………. 54 3.5.2 Beta diversity…………………………………………. 56 3.5.3 Metabolic functions of the bacterial community…. 57 3.6 Conclusion………………………………………………….. 60 3.7 Acknowledgments……………………………………........ 60 Appendix...…………………………………………………........ 68 CAPÍTULO 4. Interacciones antagónicas de bacterias cultivables asociadas a Leptogorgia alba frente a cepas aisladas de corales pétreos, erizos de mar, agua de mar y sedimento de Bahía Chamela, Jalisco, México………… 80 4.1 Introducción…………………………………..…………….. 80 4.2 Materiales y métodos……………………….………….…. 82 4.2.1 Cepas bacterianas……………………..……………… 82 4.2.2 Interacciones antagónicas…………...……………… 82 4.2.3 Análisis y visualización de redes antagónicas…... 83 4.3 Resultados…………………………………………………. 84 4.3.1 Cepas bacterianas cultivables……………………….. 84 4.3.2 Interacciones antagónicas de L. alba……………… 84 4.3.3 Interacciones antagónicas entre ensamblajes circundantes………………………………………….… 85 4.4 Discusión…………………………………………………… 87 4.4.1 Bacterias cultivables…………………………………. 87 4.4.2 Interacciones antagónicas………………………… 87 4.4.3 Bacillus y Pseudoalteromonas………………… 89 4.5 Conclusión………………………………………………….. 89 4.6 Agradecimientos…………………………………………… 90 4.7 Referencias………………………………………………… 90 Anexo……………………………………………………………. 94 CAPÍTULO 5. Evaluación de la actividad antimicrobiana de Bacillus australimaris y Pseudoalteromonas sp. asociadas al octocoral Leptogorgia alba……………………………………. 99 iii 5.1 Resumen…………………………………………………… 99 5.2 Abstract…………………………………………………….. 99 5.3 Introducción………………………………………………... 100 5.4 Materiales y métodos……………………………………... 100 5.4.1 Recolección y aislamiento de las cepas bacterianas 100 5.4.2 Identificación bacteriana……………………..……… 101 5.4.3 Patógenos humanos y acuícolas………….……… 101 5.4.4 Ensayos de actividad biológica………………….. 102 5.4.5 Cross-Streak (CS)………………………..……… 102 5.4.6 Difusión en agar por gota (DAG)………..……. 102 5.4.7 Difusión en pozo (DP)…………………...…… 102 5.4.8 Difusión en disco (DD)………………...…..... 102 5.4.9 Crecimiento sobre celulosa (CPC)……….. 102 5.4.10 Microplaca de poliestireno (MP)……….. 102 5.5 Resultados…………………………………………………. 102 5.5.1 Identificación de las bacterias marinas 1.2 y 4.4…… 102 5.5.2 Actividad biológica de las cepas de B. australimaris y Pseudoalteromonas sp…………………………………… 102 5.6 Discusión…………………………………………………… 103 5.7 Conclusiones………………………………………………. 105 5.8 Agradecimientos…………………………………………… 105 5.9 Referencias………………………………………………… 105 CAPÍTULO 6 Conclusiones generales………………………………………. 108
dc.formatapplication/PDF
dc.language.isospa
dc.publisherBiblioteca Digital wdg.biblio
dc.publisherUniversidad de Guadalajara
dc.rights.urihttps://www.riudg.udg.mx/info/politicas.jsp
dc.subjectDiversidad
dc.subjectBacteriana
dc.subjectOctocoral
dc.subjectLeptogorgia
dc.subjectAlba
dc.subjectMicrobianas
dc.subjectExploracion
dc.subjectBioactividad
dc.subjectMicrobiana.
dc.titleDiversidad bacteriana del octocoral Leptogorgia alba, interacciones microbianas y exploración de bioactividad microbiana
dc.typeTesis de Doctorado
dc.rights.holderUniversidad de Guadalajara
dc.rights.holderAvila Castro, Elizabeth
dc.coverageZAPOPAN JALISCO
dc.type.conacytdoctoralThesis
dc.degree.nameDOCTORADO EN CIENCIAS EN BIOSISTEMATICA, ECOLOGIA Y MANEJO DE RECURSOS NATURALES Y AGRICOLAS DT
dc.degree.departmentCUCBA
dc.degree.grantorUniversidad de Guadalajara
dc.rights.accessopenAccess
dc.degree.creatorDOCTOR EN CIENCIAS EN BIOSISTEMATICA, ECOLOGIA Y MANEJO DE RECURSOS NATURALES Y AGRICOLAS DT
dc.contributor.directorVargas Ponce, Ofelia
dc.contributor.codirectorDiaz Perez, Leopoldo
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